云南省中医医院针灸科始建于五十年代，是云南省最早的针灸科，经过六十多年的发展和完善，成为了特色鲜明、中医优势突出的卫生部国家临床重点专科建设单位、国家中管局“十二五”重点专科建设单位、“十二五”重点专科中风、中风后焦虑状态、中风后痉挛性瘫痪协作组成员单位;鼻针疗法技术操作规范国标准专家组成员，云南省针灸重点学科、云南省针灸重点专科、云南省中医名科，建立了云南省针灸协作网络。
针灸专科现有专业人员36人，医生21人、护士12人、康复治疗师3人。其中，主任医师6人、副主任医师7人;第四批、第五批全国名老中医2人(第一、三、四、五批国家级名中医张沛霖主任;第四、五批国家级名中医王光鼎主任);硕士生导师7人;博士3人、硕士5人，平均年龄38岁。专科硕博比例42.8%;正副高比例62%;中级职称比例20%。专科医疗技术队伍由学术顾问、学术带头人、学科带头人、骨干医师、医师、护士、康复治疗师组成，队伍结构、职称、学历合理。其中，骨干医师11名， 2名西医神经内科专业毕业医师;1名中医骨伤、1名中医内科专业毕业医师;针灸专业毕业医师7名。科室曾派往天津中医药大学第一附属医院进修针灸3人,北京天坛医院进修神内3人; 中国康复研究中心、昆明医科大学第一附属医院、第二附属医院进修3人;形成了技术力量雄厚的多学科联合的技术团队,团队具有较强的急危重症处理能力和专科诊疗能力。
云南省中医医院针灸科在几代针灸人经过六十多年的努力发展下，形成了科室鲜明的学术思想及特色优势，针灸专科围绕优势病种及国家级名中医王光鼎、张沛霖的临床经验及学术思想，确立了脑病、老年病、心身疾病、脊柱病、心血管疾病5个主要研究方向，进行临床与基础研究，显著提高了临床疗效。专科主持及参与国家级省部级课题36项，获省部级科技奖3项；形成了科室注重针刺手法与量效关系的学术思想体系，特别是形成了具有特色优势的中风、中风后痉挛性瘫痪、中风后焦虑状态、面瘫、项痹等9个病种的中医诊疗方案和面瘫、项痹、中风后痉挛性瘫痪3个优势病种临床路径，尤其是应用特殊针刺手法治疗疾病的特色优势尤显突出。
针灸科特色针刺技术：升阳通督针法、通咽利窍项舌针法、调心开窍针法、夹脊排刺针法、缪刺合井穴刺络放血法、穴位埋线减肥、小针刀技术、浮针疗法、贺氏火针疗法、子午流注等特色针刺技术。
针灸科特色优势项目：卒中单元项目(中风及中风的康复治疗)、心身疾病（郁证、失眠）治疗项目、治未病项目、中药外治项目(天灸、脐灸)、吞咽障碍特色治疗项目、脊柱病（颈腰椎疾病、截瘫）特色治疗项目、针灸国际教育与对外交流合作项目。
针灸专科是云南省及外国留学生、针灸临床硕士生等针灸人才培养基地，专科承担了云南中医学院日校针灸本科生及研究生的课堂教学授课；承担中医学院医学生临床实践带教。
针灸专科注重全省针灸技术的帮扶，以谋求共同发展、资源共享。每年对口支援5家县市级医院针灸科，专科的2个诊疗方案、3种治疗方法以及特殊针刺手法在省内广泛推广应用；每年接受县（市）地级以上医院进修人员十余人；每年均举办国家继续教育学习班，参加学员超过100人次；专科平均区域外患者比例34.63%；针灸专科引领并促进了云南省针灸学科的发展 。
针灸科注重国内外技术合作与交流，与天津中医药大学附一院针灸部、北京东直门医院、江西省中医院、浙江省中医医院、南京市中医医院、黑龙江中医药研究所、成都中医药大学针推学院、湖北中医药大学针推学院、泰国宋卡王子大学医学院建立了科研、人才培养等合作关系，并签署相关合作协议，联合开展医疗、教学、科研等学术活动。
针灸科设有2个病区（光华院区和滇池院区），拥有100张病床，专科拥有设备约128万元，年平均门诊量6.5万人次，年平均出院人数超过千人次；专科不断扩大研究领域，使专科在学术水平、专科特色优势、人员队伍、设备配置及管理方面，均处于省内领先地位，达到国内同类专科先进水平。